蓝莲盛开，身心自在~
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基因or蛋白序列文件处理常用Python代码 基因or蛋白序列文件处理常用Python代码
序列转换成fasta文件及后续的SwissProt数据库爬虫代码。 Excel格式序列转换成fasta格式文件： import os os.chdir('C:/Users/Administrator/Desktop/') res = o
2021-04-21 Python
Python
UniProt数据库爬虫获取相关信息 UniProt数据库爬虫获取相关信息
最近在分析转录组，基因组是自己组装的，好多基因注释不到KEGG和GO这两个数据库，就索性先把基因蛋白blast到SwissProt数据库，然后得到比对的蛋白的ID，再经过筛选后再去看蛋白相关的GO term。但是，这么多基因我也不可能一个一
2021-04-18 Python
Python
合并基因组文件 合并基因组文件
将基因组fasta文件合并成一行： import os import time start = time.time() os.chdir('C:/Users/Administrator/Desktop/') print(os.getcw
2021-04-07 Python
Python
Python提取fasta文件成单行文件 Python提取fasta文件成单行文件
R语言对fasta这种超大的字符文件进行处理真的是太慢了，Python是真的香啊！ import os import time start = time.time() os.chdir('C:/Users/Administrator/D
2021-04-07 Python
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Python爬取水稻基因的Entrez ID Python爬取水稻基因的Entrez ID
海外服务器爬NCBI是真的香！！！ 大概有25000个基因，用R包做KEGG和GO的时候需要把基因ID转换成ENTREZID，显然一个一个查找是不现实的，那就爬虫吧。 国内网络的话单次爬取500个左右就会断，索性部署到阿里云新加坡的服务器上
2021-03-28 Python
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Python英文文献爬虫 Python英文文献爬虫
之前写过用Python爬取中文文献，但是更多时候需要的是英文文献，就写了个英文的爬虫代码。 import os import random import openpyxl import time import requests from
2020-01-12 Python
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